Fu dal 1964 al 1968 che il Museo perse quest'unità museografica originale, rimase chiuso e subì una profonda ristrutturazione architettonica ed espositiva che avrebbe dovuto riqualificarlo in senso specialistico.
L'archivio storico fu confinato nella soffitta, purtroppo vegliata soltanto da una catenella e quindi accessibile a qualunque visitatore. Ivi finì, o continuò ad essere, saccheggiato e preda di umidità e muffe.
L'archivio bibliografico fu trasportato altrove, fu aggregato alla Biblioteca Civica Popolare di cui seguì le non brillanti sorti e le peregrinazioni. Molto impoverito è dal 1977 conservato presso sede attuale della Biblioteca Civica che ha provveduto con grande cura alla sua tutela ed alla catalogazione e restauro di molti suoi volumi fra i più rari e preziosi.
Qualche anno dopo è stato ivi raggiunto dall'archivio storico.
Le raccolte archeologiche e numismatiche furono in quegli anni Sessanta relegate nel sottotetto, o in armadi, e molti reperti finirono in realtà perduti e dispersi. Tutto questo in omaggio ad una concezione del museo che privilegiava gli oggetti artistici attribuendo alla pinacoteca un valore totalizzante, addirittura il solo in grado di interessare quelle di allora e le future generazioni di visitatori!
Dal 1976 il Museo ha ripreso gradualmente dignità. L'attuale dirigenza ha realizzato il primo catalogo fotografico e adottato regole più severe per frenare perdite e furti. Il Museo ha promosso ed è stato fra i soci fondatori di un Gruppo Archeologico che si è poi occupato con molto merito del settore, sia con opera di promozione che di tutela e salvaguardia; si sono promosse e messe in atto tutta una serie di iniziative che hanno portato all'acquisizione di un numero notevole di oggetti d'arte sia in dono che per acquisto; sono state restaurate quasi tutte le opere d'arte delle collezioni museali, gli affreschi dell'atrio e la facciata del palazzo; si sono recuperati, catalogati, disegnati e restaurati moltissimi reperti archeologici.
L'archivio storico documentario è stato, temporaneamente, portato in biblioteca. Molti manoscritti antichi sono stati sottoposti a restauro e, con il contributo diretto o mediato della Regione Veneto e della Soprintendenza Archivistica, il fondo dei due municipi di Ceneda e Serravalle è stato catalogato e ne è stato pubblicato il relativo catalogo a stampa.
Il 4 maggio 1985 è stata inaugurata la nuova sezione archeologica con materiali delle vecchie collezioni museali Graziani Troyer, reperti raccolti dal Gruppo Archeologico del Cenedese e altri ancora donati dall'appassionato mons. Antonio Moret.
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